Professional Experience
- Apr. 2025 - Present: Chairperson of Department of Bioscience and Bioinformatics, Graduate School of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
- Jan. 2022 - Present: Professor, Department of Bioscience and Bioinformatics, Graduate School of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
- Jul. 2015 - Dec. 2021: Associate Professor, Department of Bioscience and Bioinformatics, Graduate School of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
- Apr. 2012 - Jun. 2015: Assistant Professor, Department of Bioscience and Bioinformatics, Graduate School of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
- Apr. 2010 - Mar. 2012: Visiting Researcher, Department of Biophysics and Biochemistry, Graduate School of Science, University of Tokyo, Japan
- Oct. 2009 - Mar. 2013: Researcher, Precursory Research for Embryonic Science and Technology (PRESTO), Japan Science and Technology Agency (Research Area: Innovative Model of Biological Processes and Its Development)
- Apr. 2009 - Sep. 2009: Postdoctoral Fellow, Department of Computational Biology, Graduate School of Frontier Sciences, University of Tokyo, Japan
- Apr. 2008 - Mar. 2010: Cooperative Research Scientist, Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), Japan
- Apr. 2008 - Mar. 2009: Postdoctoral Fellow, the Japan Society for the Promotion of Science (at University of Tokyo, Japan)
- Apr. 2007 - Mar. 2008: Doctoral Fellow, the Japan Society for the Promotion of Science (at Kyoto University, Japan)
- May 2006 - Mar. 2007: Research Assistant (Kyoto University 21st Century COE Program, Knowledge Information Infrastructure for Genome Science)
職歴
- 令和7年4月〜現在: 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系 生命化学情報工学研究系長, 副専攻長（生命化学情報）, 生命化学情報工学科長
- 令和4年1月〜現在: 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系 教授
- 平成31年4月〜令和3年12月: 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系 准教授（改組）
- 平成27年7月〜平成31年3月: 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命情報工学研究系 准教授
- 平成24年4月〜平成27年6月: 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命情報工学研究系 助教
- 平成22年4月〜平成24年3月: 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 客員共同研究員
- 平成21年10月〜平成25年3月: 科学技術振興機構 さきがけ研究者（研究領域: 生命現象の革新モデルと展開. 平成21年10月〜平成24年3月: 専任研究者. 平成24年4月〜平成25年3月: 兼任研究者）
- 平成21年4月〜平成21年9月: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 特任研究員
- 平成20年4月〜平成22年3月: 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター 外来研究員
- 平成20年4月〜平成21年3月: 日本学術振興会 特別研究員PD（受入研究者: 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 有田正規先生）
- 平成19年4月〜平成20年3月: 日本学術振興会 特別研究員DC2（受入研究者: 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 阿久津達也先生）
- 平成18年5月〜平成19年3月: リサーチアシスタント（京都大学 21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」）
Education
- Mar. 24, 2008: Doctor of Informatics (Kyoto University, Japan)
- Apr. 2006 - Mar. 2008: Department of Intelligence Science and Technology, Graduate School of Informatics, Kyoto University, Japan
- Apr. 2004 - Mar. 2006: Department of Bioscience and Bioinformatics, Graduate School of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
- Apr. 2000 - Mar. 2004: Department of Biochemical Engineering and Science, Faculty of Computer Science and Systems Engineering, Kyushu Institute of Technology, Japan
学歴
- 平成20年3月24日: 博士号（情報学）京都大学
- 平成18年4月〜平成20年3月: 京都大学 大学院情報学研究科 知能情報学専攻（短縮修了）
- 平成16年4月〜平成18年3月: 九州工業大学 大学院情報工学研究科 情報科学専攻
- 平成12年4月〜平成16年3月: 九州工業大学 情報工学部 生物化学システム工学科
Societies
- Japanese Society for Bioinformatics 日本バイオインフォマティクス学会
- The Physical Society of Japan 日本物理学会
Activities and Roles
- 日本バイオインフォマティクス学会
- 九州地域部会長 (Apr. 2023 - Mar. 2025)
- 理事 (Apr. 2019 - Mar. 2023)
- 幹事 (若手) (Apr. 2018 - Mar. 2020)
- The International Conference on Complex Networks and Their Applications (COMPLEX NETWORKS) (Program Committee, 2017-2025)
- Respiratory Research (Associate Editor, June 2023 - August 2024)
- Frontiers in Bioinformatics (Review Editor on the Editorial Board of Protein Bioinformatics, May 2020 - Present)
- The International Conference on Foundation and Large Language Models (FLLM) (Program Committee, 2024-2025)
- 2020年日本バイオインフォマティクス学会年会・第９回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2020）（実行委員）
- The 29th International Conference on Genome Informatics (GIW 2018) (Program Committee)
- PLoS ONE (Academic Editor, Sep. 2017 - Present)
- The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018) (Program Committee)
- MOL2NET, International Conference on Multidisciplinary Sciences (Scientific Committee, 2015-2017)
- 第23回日本生物工学会九州支部飯塚大会（実行委員）
- Scientific Reports (Nature Publishing Group) (Editorial Board, Jun. 2015 - Apr. 2024)
- バイオインフォマティクス技術者認定試験 平成26年度認定試験委員会
- Frontiers in Plant Science (Review Editor, Nov. 2012 - Dec. 2024)
- Journal of Biophysical Chemistry (Editorial Board, Apr. 2012 - Present)
- Reviewer for
Animal Microbiome;
Annals of Internal Medicine;
Annals of the New York Academy of Sciences;
Applied and Environmental Microbiology;
Applied Mathematics and Computation;
Applied Network Science;
Applied Soft Computing;
Artificial Life and Robotics;
Biochemical Journal;
Bioinformatics;
BioMed Research International;
Biosystems;
BMC Bioinformatics;
BMC Biology;
BMC Complementary and Alternative Medicine;
BMC Ecology and Evolution;
BMC Evolutionary Biology;
BMC Genomics;
BMC Systems Biology;
Briefings in Bioinformatics;
Chaos, Solitons & Fractals;
Computational and Structural Biotechnology Journal;
Computer Networks;
Computers in Biology and Medicine;
Computers in Human Behavior Reports;
Current Bioinformatics;
Ecological Research;
Ecology and Evolution;
Ecology Letters;
Ecosphere;
Entropy;
Environmental Microbiology;
Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine;
Expert Systems with Applications;
Extremophiles;
F1000Research;
Frontiers in Bioinformatics;
Frontiers in Ecology and Evolution;
Frontiers in Microbiology;
Frontiers in Plant Science;
Future Microbiology;
Heliyon;
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics;
IEEE Transactions on Computational Social Systems;
IEEE Transactions on Medical Imaging;
IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering;
IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems;
IEICE Transactions on Information and Systems;
IET Systems Biology;
Information Sciences;
International Journal of Bioinformatics Research and Applications;
ISA Transactions;
iScience;
Journal of Biophysical Chemistry;
Journal of Molecular Evolution;
Journal of Physics: Complexity;
Journal of Theoretical Biology;
Journal of the Royal Society Interface;
Mathematical Biosciences;
Microbial Ecology;
mSystems;
Natural Language Processing Journal;
Nature Communications;
Nature Ecology & Evolution;
Nature Medicine;
Nature Physics;
Neurocomputing;
New Journal of Physics;
Oecologia;
Pattern Recognition;
PeerJ;
Philosophical Transactions B;
Physica A;
Physica D;
Physical Review E;
Physical Review Letters;
PLoS Computational Biology;
PLoS One;
Proceedings of the Royal Society B;
Respiratory Research;
Scientific Reports;
Smart Health;
Social Networks;
Symmetry;
The ISME Journal;
Topologica;
Virus Evolution.
- 生命情報科学若手の会（発起人）
Awards and Honors
- 令和元年度 Lectures of the Year (九州工業大学 離散数学II クラスIV・V, 令和2年7月)
- 国立大学法人九州工業大学職員表彰 (平成31年3月)
- Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize (2017, September)
- The Eighth Asia Pacific Bioinformatics Conference Best Poster Award (2010, January)
Research Grants
- 令和3〜7年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業（基盤研究（B））（研究課題番号: 21H03545）「医用画像診断深層ニューラルネットワークの信頼性・安全性確保のための計算手法開発」（1,755万円）研究代表者
Apr. 2021 - Mar. 2026: Grant-in-Aid for Scientific Research (B) of Japan Society for the Promotion of Science (no. 21H03545). "Development of computational methods for increasing reliability and safety of deep neural networks for medical imaging" (17,550,000 JPY). Principle Investigator.
- 平成30〜31年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業（挑戦的研究（萌芽））（研究課題番号: 18K19846）「数理解析とメタゲノミクスでマイクロバイオーム撹乱後の回復を予測する」（624万円）研究分担者（研究代表者: 高見英人）（分担金: 117万円）
Apr. 2018 - Mar. 2020: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory) of Japan Society for the Promotion of Science (no. 18K19846). "Predicting restoration of perturbed microbiome based on metagenomics and mathematical modeling" (6,240,000 JPY). Co-researcher (PI: Hideto Takami) (Contribution: 1,170,000 JPY).
- 平成30年度: 京都大学化学研究所共同利用・共同研究拠点（分野選択型萌芽的研究）（課題番号: 2018-27）「次数相関のある複雑ネットワークの解析」（20万円）研究代表者（共同研究者：阿久津達也先生）
Apr. 2018 - Mar. 2019: Collaborative Research Program of Institute for Chemical Research, Kyoto University (grant # 2018-27). "Analysis of complex networks with degree correlations" (200,000 JPY). Principle Investigator.
- 平成29〜令和2年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業（若手研究（A））（研究課題番号: 17H04703）「代謝ネットワークを通して可能にする微生物生態系の機能評価とデザイン：理論と応用」（2,067万円）研究代表者
Apr. 2017 - Mar. 2021: Grant-in-Aid for Young Scientists (A) of Japan Society for the Promotion of Science (no. 17H04703). "Evaluating and designing microbial ecosystems using metabolic networks: theory and its applications" (20,670,000 JPY). Principle Investigator.
- 平成29年度: 京都大学化学研究所共同利用・共同研究拠点（分野選択型萌芽的研究）（課題番号: 2017-22）「次数相関のある複雑ネットワークの解析」（60万円）研究代表者（共同研究者：阿久津達也先生）
Apr. 2017 - Mar. 2018: Collaborative Research Program of Institute for Chemical Research, Kyoto University (grant # 2017-22). "Analysis of complex networks with degree correlations" (600,000 JPY). Principle Investigator.
- 平成27〜29年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業（基盤研究（B）（特設分野研究））（研究課題番号: 15KT0039）「農耕地生態系の潜在的物質循環ポテンシャルを可視化する」（1,794万円）研究分担者（研究代表者: 高見英人）（分担金: 123万円）
Jul. 2015 - Mar. 2018: Grant-in-Aid for Scientific Research (B) (Generative Research Fields) (no. 15KT0039). "Visualizing the potential of material cycles in agricultural ecosystems" (1,7940,000 JPY). Co-researcher (PI: Hideto Takami) (Contribution: 1230,000 JPY).
- 平成26〜27年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業（挑戦的萌芽研究）（研究課題番号: 26550053）「メタゲノミクスと数理統計学の融合による新規な環境影響評価法の開発」（390万円）研究分担者（研究代表者: 高見英人）（分担金: 65万円）
Apr. 2014 - Mar. 2016: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research of Japan Society for the Promotion of Science (no. 26550053). "Development of new method for environmental impact assessment by combination of genomics and mathematical statistics" (3,900,000 JPY). Co-researcher (PI: Hideto Takami) (Contribution: 650,000 JPY).
- 平成25〜28年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業（若手研究（A））（研究課題番号: 2570030）「代謝ネットワークから解き明かす生物—環境相互作用：解析基盤の確立と応用」（2,106万円）研究代表者
Apr. 2013 - Mar. 2017: Grant-in-Aid for Young Scientists (A) of Japan Society for the Promotion of Science (no. 25700030). "Untangling species-environment interactions using metabolic networks: theory and its applications" (21,060,000 JPY). Principle Investigator.
- Jan. 2013 - June 2013: International Young Scientists Program of National Natural Science Foundation of China (no. 11250110508). "Elucidation of the design principles of metabolic pathways of living organisms via mathematical modelling analysis" (100,000 RMB). Principle Investigator.
- Sep. 2012 - Aug. 2013: Chinese Academy of Sciences Fellowship for Young International Scientists (no. 2012Y1SB0014). "Computational analysis of metabolic networks from a viewpoint of structure and physicochemical properties of proteins" (165,000 RMB). Principle Investigator.
- 平成21〜24年度: 科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業さきがけ「環境適応から解き明かす代謝ネットワークの設計原理」（2,300万円）研究代表者
Oct. 2009 - Mar. 2013: Strategic Basic Research Program "Precursory Research for Embryonic Science and Technology" of Japan Science and Technology Agency. "Elucidation of design principle for environmental adaptation in metabolic networks" (23,000,000 JPY). Principle Investigator.
- 平成19〜20年度: 日本学術振興会科学研究費助成事業（特別研究員奨励費）（研究課題番号: 07J00209）「統計力学に基づく生化学反応ネットワークの解析とモデル化」（180万円）研究代表者
Apr. 2007 - Mar. 2009: Research Fellowship for Young Scientists of Japan Society for the Promotion of Science (no. 07J00209). "Analysis and Modeling of Biochemical Reaction Networks based on Statistical Mechanics" (1,800,000 JPY). Principle Investigator.